«Книга великого господина преосвященного Симона, архиепископа Вологодцкого и Белозерского, записная церквам» Белозерского уезда и Чарондской округи 1693 года упоминает «церков Кирилла Чюдотворца в Белозерском уезде, в селе Козахте, Ферапонтова монастыря в вотчине». В дальнейшем деревянную церковь заменили каменной.
В «Церковно-историческом атласе Вологодской области» она именуется Богоявленской (Казанской). Там же указывается, что каменная церковь, построенная в Козохте в 1821 году, имела три престола: Богоявления (главный), преподобного Кирилла Белозерского и Казанской иконы Божией Матери (Вологда, 2007, т. 1, с. 133).
В советское время церковь была закрыта. Сейчас восстанавливается.