Кирилло-Белозерский Успенский монастырь был основан в 1397 году представителем знатного боярского рода Вельяминовых монахом московского Симонова монастыря Кириллом (в миру ‒ Козьма). Преподобный Кирилл Белозерский был учеником и последователем идей Сергия Радонежского и одним из наиболее выдающихся христианских подвижников средневековой Руси. Тридцать лет своей жизни Кирилл провел в Белозерье, заботясь об обители. Он установил в монастыре строгий общежительный устав, который сыграл важную роль в развитии монастыря и содействовал формированию внутреннего устройства монашеской жизни.
Удалившись на север, Кирилл Белозерский стал оказывать бо́льшее влияние на решение политических вопросов, чем в период жизни в московском Симоновом монастыре. Именно в этот период он вёл переписку с князьями – сыновьями Дмитрия Донского, многочисленные ученики и последователи преподобного не только основывали новые обители, но и, в свою очередь, оказывали влияние на политику. Высокий духовный авторитет Кирилла Белозерского стал основой для превращения далекого северного монастыря в крупный культурный и духовный центр, в место паломничества представителей многих русских аристократических фамилий. Среди богомольцев и вкладчиков Кирилло-Белозерского монастыря ‒ сыновья великого князя Дмитрия Донского, великие князья Василий II Тёмный и Василий III, цари Иван IV Грозный, Борис Годунов, Михаил Фёдорович и Алексей Михайлович Романовы, бояре Воротынские, Шереметевы, Палецкие, Голицыны, Воронцовы, Головины, Одоевские, Морозовы и многие другие.
История Кирилло-Белозерской обители охватывает большой исторический период. С 1397 по 1924 год обитель возглавляли 78 настоятелей, многие из них были яркими и неординарными людьми. Некоторые кирилловские игумены и архимандриты становились впоследствии епископами, архиепископами, митрополитами. Нередко кирилловские настоятели принимали активное участие в самых значимых событиях своего времени. Игумен Трифон (1435‒1447) в период феодальной войны между князьями московской династии освободил сосланного в Вологду Василия Темного от клятвы не претендовать на великое княжение, данной им Дмитрию Шемяке, чётко определив позицию крупнейшей северной обители в междоусобице. Игумен Феодосий (1525‒1532) принимал в обители великого князя Василия III и великую княгиню Елену, которые приехали молиться о даровании наследника. Игумен Матфей (1606‒1615), возглавлявший обитель в Смутное время и руководивший обороной монастыря от польско-литовских отрядов, зарекомендовал себя как незаурядный организатор и мудрый распорядитель, в феврале 1613 года участвовал в Земском соборе, избравшем на царство Михаила Федоровича Романова.
На протяжении двух с половиной веков во главе монастыря стояли игумены. В 1649 году статус обители изменился. 1 августа 1649 года благодаря покровительству знатного вельможи, ближайшего советника и воспитателя царя Бориса Ивановича Морозова, монастырю было пожаловано архимандритство, поднявшее обитель по лестнице церковной иерархии. Периоды настоятельства кирилловских архимандритов отмечены не менее яркими событиями. Архимандрит Никита (1661‒1664, 1667‒1681) был духовником патриарха Никона, в период его ссылки в Кирилло-Белозерский монастырь, затем участвовал в переводе патриарха в Новый Иерусалим, а после его смерти, случившейся в пути, сопровождал его тело до ярославского Толгского монастыря, и 16 августа 1681 года он, вместе с братией ярославского Спасского монастыря, отпевал Никона. Архимандрит Иринарх (1705‒1732) принимал деятельное участие в возрождении Валаамского Спасо-Преображенского монастыря на только что отвоеванной в ходе Северной войны территории, принимал в обители императора Петра I (февраль 1722 года) и его жену императрицу Екатерину I (март 1722 года). Отец Иринарх, вероятно, присутствовал и при похоронах Петра I (в ризнице долгое время хранилась золотая медаль с изображением императора, вручаемая после кончины Петра I), а позже, в 1730 году ‒ на коронации императрицы Анны Иоанновны.
Во второй половине XIX века настоятелем Кирилло-Белозерского монастыря был Иаков Поспелов ‒ кандидат богословия, кавалер орденов Святой Анны, святого Владимира, почётный член Московской духовной академии, церковный писатель. Отец Иаков принял в управление обитель святого Кирилла, когда многие её здания и храмы пришли в ветхость, хозяйство и нравы монашеской жизни находились в значительном упадке. За 30 лет настоятелю удалось провести в обители грандиозные изменения. Под его руководством развернулись ремонтные работы, поновлялись интерьеры храмов, перестраивались иконостасы, велось благоустройство территории, но главной заботой настоятеля было восстановление в монастыре истинно монашеской жизни в духе Устава преподобного Кирилла Белозерского.
Духовные подвиги основателя и настоятелей Кирилло-Белозерского монастыря стали весомым поводом для их почитания и возведения в сан святых. Русской православной церковью были канонизированы основатель обители преподобный Кирилл Белозерский, игумены Кассиан и Трифон, архимандрит Иаков (Поспелов) и епископ Варсонофий (Лебедев). Согласно известным данным, Кирилл Белозерский впервые назван преподобным в 1448 году в окружной грамоте митрополита Ионы и поставлен в один ряд с Сергием Радонежским. Канонизацией Кассиана следует считать включение его имени в Собор всех святых, в земле Российской просиявших, состав которого был определён в ходе подготовки к изданию богослужебных Миней в 1970‒1980-х годах. Трифон почитался как местночтимый святой Ростовской епархии. В книге «Русские святые: 1000 лет русской святости» отмечено, что память святителя Трифона празднуется 1 февраля в день тезоименитства со святым мучеником Трифоном и 23 мая вместе с Собором Ростово-Ярославских святых. Архимандрит Иаков (Поспелов) был канонизирован в 1987 году по благословению Святейшего Патриарха Пимена (Извекова), его имя было включено в Собор Тульских Святых. В 2009 году преподобный Иаков (Поспелов) включен в Собор Вологодских святых. Епископ Варсонофий, расстрелянный в 1918 году вместе с игуменьей Ферапонтовой обители Серафимой и четырьмя мирянами, был причислен к лику святых новомучеников и исповедников Российских для общецерковного почитания Юбилейным Архиерейским Собором РПЦ в 2000 году. Память их исполняется 2 (15) сентября.
В 1924 году монастырь был закрыт. Возрождение монашеской жизни началось в 1997 году, когда часть территории обители, именуемая Малым Ивановским монастырём, была передана в бессрочное пользование Русской православной церкви.
