В 2005 году, когда Муромскому Спасо-Преображенскому мужскому монастырю исполнилось 910 лет, среди возрождённых храмов оказалась и надвратная церковь преподобного Кирилла Белозерского.
Постройка церкви была начата в 1805 году, однако храм не был достроен. В XIX веке помещение служило архивом Муромскому духовному правлению, в конце века заново перестраивалось.
На протяжении длительного времени, до середины 1990-х, надвратная церковь была в распоряжении воинской части, как и весь комплекс монастыря, и использовалась в качестве помещения для контрольно-пропускного пункта.
Лишь 22 июня 2005 года храм был восстановлен и освящен во имя преподобного Кирилла Белозерского.