На протяжении длительного времени монастыри в России были не только духовными и культурными центрами. Они владели обширными землями, многочисленными промыслами, вели торговлю. Кирилло-Белозерский монастырь был одним из богатейших русских монастырей. Большой доход обители приносили ловля рыбы, добыча соли, изготовление деревянной посуды, их беспошлинная продажа, но главным богатством была земля. Первые земельные приобретения были сделаны ещё при жизни основателя монастыря преподобного Кирилла. Сохранился ряд купчих грамот, подписанных им самим. Всего известно примерно о сорока земельных приобретениях, частью поступивших в виде пожертвований, частью в виде «куплей».
Энергичный рост монастыря продолжался и при преемниках преподобного. К концу XVI века монастырь приобрёл основные освоенные земли Белозерского края, включая большинство владений светских феодалов, и сделался одним из крупнейших вотчинников Московского государства, уступая из монастырей лишь Троице-Сергиевой лавре. Игумены обители в XVI–XVII веках словно соперничали: один будто пытался превзойти другого бо́льшим количеством выгодных сделок, ростовщических операций, размерами присоединённой земли. Только с 1482 по 1601 год количество отошедших к Кирилловской обители сёл, селец-слобод, деревень, пустошей и починков увеличилось со 152 до 943. Таким образом, по данным 1601 года, монастырю уже принадлежало 11 сёл, 5 селец, 607 деревень и 320 пустошей, в которых проживало двадцать тысяч крестьян. К концу XVII века количество дворов составляло 5500, а общая площадь непомерно увеличившейся кирилловской вотчины достигла величины среднего западноевропейского княжества. Монастырская земельная собственность, в отличие от светской, не дробилась при передаче по наследству, что позволяло создать крупное устойчивое централизованное хозяйство.
Экономической стабильности и росту монастыря немало способствовало и неизменное благоволение со стороны московских великих князей, выражавшееся во всевозможных льготах, земельных пожертвованиях и денежных вкладах, в пожаловании соляных промыслов и рыбных ловель. На деньги русских царей и князей на территории обители возведено шесть храмов. Распространёнными вкладами были церковная утварь из ценных металлов и шитые пелены.
Кирилло-Белозерский монастырь имел обширные духовные, экономические связи с другими городами Руси. Во многих из них у монастыря были свои подворья, которые открывались с целью сбора в пользу монастыря пожертвований и доходов. Известны подворья в Москве, Пскове, Дмитрове, Нижнем Новгороде, Угличе, Вологде, Каргополе, Ростове, Белозерске.
Экономические и военные реформы Петра I негативно отразились на судьбе богатой Кирилло-Белозерской обители. Монастырская пахотная земля была отобрана в казну, вместо неё дано незначительное денежное вознаграждение. В 1714 году оно было отменено, и монастырю вновь вернули значительную часть его былых владений, «чтобы обитель не опустела и братия врознь не разбрелась». Налоги на монастырских крестьян также резко выросли. Четвёртая часть колоколов в количестве 416 пудов (6,5 тонн), значительная часть медной посуды и семь пушек были отправлены на пополнение снаряжения русской армии во время Северной войны. Выполняя петровские указы, монастырь ежегодно отправлял хлебные запасы, посылал значительное количество людей, лошадей на театр военных действий, строительство новых городов, крепостей и кораблей флота.
Коренным образом изменил жизнь монастыря указ Екатерины II, изданный в 1764 году и известный под названием «Духовные штаты». Согласно ему все монастырские земли переходили в собственность государства. Вместо доходов с вотчин монастыри стали получать небольшое годовое содержание от государства. Этим же документом определялось и количество монашествующих. Благодаря своей известности и прошлой славе Кирилло-Белозерский монастырь был отнесён к первому классу, получил право иметь до 33 монахов, на содержание которых выделялось государством до 2 500 рублей в год. Для сравнения – в период расцвета, в XVI‒XVII веках, в монастыре проживало более 200 монахов, до 400 слуг, большое количество военных людей и мастеровых.
Изменение экономического уклада жизни монастыря вызвало необходимость поиска новых источников дохода. В это время ими были «пожертвования и приношения верующих, продажа церковных предметов, мест на кладбище; поступления с земельных угодий; денежное содержание от государства; сдача монастырских построек в аренду». Монастырь заключал арендные договора с городскими властями, по которым последние имели право хранить в помещениях монастыря соль, вино, хлеб. Уже в XVIII веке в монастыре снимали помещения городское казначейство и духовное училище, в 1764 году монастырь сдал в аренду ряд келий, палат и подклетов под хранение соли, хлеба, вина, позднее здесь же появились два соляных магазина. В стенах возле Косой и Казанской башни размещались церковноприходская школа, мужская и женская гостиницы для паломников. Береговая полоса вдоль монастырских стен сдавалась в аренду купцам для хранения леса. С конца XVIII века на территории монастыря располагались городская и уездная тюрьмы. На их содержание от городских властей монастырь получал 150 рублей ежегодно. Также для получения доходов монастырь сдавал в аренду озера и рыбные тони. В 1838 году арендная плата, получаемая за Сиверское и Зауломское озера, составляла 750 рублей в год. Сумма арендной платы не была стабильной. Заключался договор на «оброчное содержание для рыболовства». В документе подробно оговаривались и условия рыбной ловли. Постоянно увеличивающейся статьёй дохода были проценты с монастырских капиталов, хранившихся в банках. Размер капиталов увеличивался за счёт частных пожертвований и за счёт крупных денежных остатков от покрытия монастырских расходов, благодаря чему с 1840 по 1916 год сумма, которую монастырь хранил в банках, возросла в пять раз, с 22 600 до 110 791 тысячи рублей серебром.
После 1917 года вся земельная собственность монастыря окончательно перешла государству, остались лишь небольшие огороды. Монахов обложили налогом, который составил по 15 рублей с каждого. Национализировано было и другое монастырское имущество, лишь часть его была выдана братии в пользование.
